Après la chute de Porfirio Diaz en 1911, Francisco Madero un démocrate libéral, lui succède. Il doit faire face à de nombreuses revendications des milieux ruraux, cependant que l'église catholique, les propriétaires terriens et les milieux d'affaires mexicain et américain occupent l'essentiel du réel pouvoir. La réforme agraire espérée ne venant pas, Emiliano Zapata prend les armes : c'est le début de la révolution. Entre temps, en février 1913, Madero est renversé par le coup d'état du général Huerta, qui instaure une dictature militaire. Zapata, rejoint par Pancho Villa, poursuit l'insurrection armée contre le nouveau régime.
Dans ce contexte historique, Juan Miranda, bandit de grand chemin mal dégrossi, rencontre par hasard au fin fond de la sierra Sean Mallory, membre de l'IRA et spécialiste en explosifs en tous genres. Au vu du potentiel du révolutionnaire irlandais, Juan fait des pieds et des mains pour s'attirer sa sympathie, dans l'espoir que celui-ci l'aidera à vider la mythique banque de Mesa Verde.
L'objectif n'est qu'à moitié atteint, la banque étant vidée... de centaines de prisonniers politiques. Les deux compères, incarnés par James Coburn et Rod Steiger, sont dès lors considérés comme deux authentiques héros de la révolution, à laquelle ils se joignent.
La répression orchestrée par les hommes du général Huerta débouche bientôt sur une véritable guerre civile dans laquelle les massacres de masse sont systématiques.
Les épreuves communes rapprochent finalement Juan et Sean, ces deux êtres que tout oppose, tout en modifiant leurs manières de voir. Juan apprend à voir plus grand, ne plus se battre pour son seul bien-être mais pour l'idéal révolutionnaire tandis que Sean perd le sien devant le lâcheté d'un des principaux instigateurs de la révolution qui, après avoir été découvert, donne ses camarades dans l'espoir de sauver sa peau.
Dès le début au cours de la scène de la diligence, le film nous présente très bien le contexte révolutionnaire de l'époque, en mettant en scène l'abîme qui sépare l'oligarchie représentée par les ecclésiastiques, propriétaires terriens et autres homme d'affaires américains, et les crève-la-faim qui les détroussent.
''Il était une fois la Révolution'' n'est pas à proprement parler un western, constituant comme une transition entre le Far West désertique et mystérieux, et les crépitements de mitraillettes de la fin du film, annonciateurs de la modernité industrielle de la Première Guerre Mondiale.
Ce film, à travers la magnifique musique d'Ennio Morricone, est surtout centré sur l'essor et le déclin de la foi révolutionnaire, jetant un regard sans concession sur la réalité de la révolution : les combats, les espoirs, les déceptions, les luttes intestines, la trahison des élites, l'instrumentalisation des masses. Tout est dit dans cette citation pessimiste mais lucide de Juan : ''Nom de dieu je sais très bien comment c'est la révolution ! c'est les gens qui savent lire dans les livres qui vont voir ceux qui savent pas, et les voilà qui disent le moment est venu de changer tout ça ! Ils expliquent aux pauvres bougres, qui eux font le changement. Après, les plus malins de ceux qui savent lire dans les livres s'assoient autour d'une table pour bouffer et blablater, pendant que c'est les pauvres bougres qui crèvent. Et qu'est-ce qui arrive quand c'est fini ? Rien, tout recommence comme avant''.