La finalité de ce nouvel essai du philosophe Michel Onfray tient dans la proposition de ce dernier d'offrir une lecture complémentaire à sa précédente critique de la théorie freudienne ayant pour titre
Le Crépuscule d'une idole. Le terme éponyme d'« apostille » corrobore le sens et l'orientation d'un nouveau discours analytique que l'auteur, rapportant la définition étymologique du Littré, conçoit comme une « annotation en marge ou au bas d'un écrit », un mot, ajoute-t-il, procédant du bas latin qui signifie « explication, note ». Autrement dit, Michel Onfray désire, par le biais de cet ouvrage, apporter un supplément d'informations susceptible de répondre au tollé qui accueillit la parution du « Crépuscule d'une idole » et, par extension, d'éclairer son lectorat sur les principaux axes qui fondent la teneur non freudienne de sa réflexion. Il s'agit donc d'une synthèse dans laquelle Onfray récapitule le contenu de ses études sur la psychanalyse freudienne selon le mode de l'alternance entre chapitres impairs et pairs. Il s'en explique dans son avant-propos en écrivant que : « Les chapitres impairs résument ce qu'il faut savoir de Freud pour envisager les enjeux des chapitres pairs qui proposent des "pistes" pour une psychanalyse non freudienne - et non une "théorie globale" impossible à conduire par un homme seul. »
Il ressort de l'originalité de cette dynamique discursive l'élaboration d'une lecture comparative entre, d'une part, la thèse freudienne et, d'autre part, les perspectives proposées par les tenants d'une psychanalyse non freudienne tels que Reich, Politzer, Sartre ou bien, plus loin dans le temps, au cinquième siècle avant l'ère commune, le philosophe trop méconnu Antiphon d'Athènes. Reprenant ainsi point par point les composantes de la psychanalyse de Freud qu'Onfray estime, pour nombre d'entre elles, sujettes à caution et contre lesquelles il argumente avec ferveur, ce dernier met au jour l'alternative que soumettent entre autres et en regard les penseurs susnommés.
Abordant par exemple la question de la thérapie, question cruciale s'il en est quant à la dimension pratique de la psychanalyse ou à son efficacité, Michel Onfray oppose la méthode de Freud, qu'il qualifie d'« incroyable capharnaüm », aux moyens mis en oeuvre par Georges Politzer en faveur de « la psychologie concrète » qui se définit comme une discipline fondée sur des valeurs d'ordre épicurien, réhabilitant la nature et la fonction de la parole au sens que lui attribue Lucrèce, à savoir celui de « molécule ». La parole est, de ce point de vue, « l'instrument d'une modification de l'être par des sons qui font sens ». C'est là, nous dit Onfray, la véritable mesure à conférer à la fonction thérapeutique de la parole : « Les épicuriens, souligne-t-il, parlent de simulacres pour expliquer le mouvement des atomes dans le monde. Il s'agit de duplications atomiques plus subtiles que leur source qui, grâce à leur plus grande subtilité, vont d'un point à un autre et pénètrent les trames matérielles d'un corps humain : fragments détachés d'un objet qui entrent dans l'âme matérielle par l'oeil, l'oreille, le nez et le corps, emmagasinent des informations atomiques, et l'intelligence, elle aussi matérielle, organise et réorganise. La psychanalyse non freudienne est un exercice spirituel atomique : un art de produire l'ordre du sens dans un chaos formel. »
Enfin, reconnaissant au regard d'un tel propos sa proximité avec la pensée sartrienne, Michel Onfray tient pour une psychanalyse existentielle, fondée par ailleurs sur la réalité d'« un inconscient neuronal a posteriori », et qui sache s'adapter à chaque cas, en d'autres termes au sujet en tant que porteur d'un « secret individuel » : « Sartre, écrit-il, critique chez Freud l'idée d'une symbolique universelle selon laquelle une chose trouverait toujours la même représentation sous toutes les latitudes existentielles - du genre : un parapluie = un phallus. Contre la raideur dogmatique de la psychanalyse freudienne, Sartre revendique la souplesse : il s'agit d'épouser "les moindres changements observables sur chaque sujet". Dès lors : "La méthode qui a servi pour un sujet ne pourra, de ce fait même, être employée pour un autre sujet ou pour le même sujet à une époque ultérieure." »