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Classification phylogénétique du vivant vol.2 Broché – 12 avril 2013

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Extrait

Extrait de l'avant-propos

En 2001, nous publiâmes la Classification phylogénétique du vivant, afin, comme nous le disions alors, de «tenter de combler une lacune de l'édition scientifique universitaire», car «il n'existait pas d'ouvrage fournissant une classification exhaustive et cohérente du monde fondée sur l'apparentement évolutif et lui seul». Cette publication fut couronnée de succès; deux nouvelles éditions durent être réalisées, et une quatrième s'avère à ce jour indispensable. Par ailleurs, la réception par la communauté internationale fut excellente, comme en témoignent différentes traductions : italienne (Zanichelli editore, 2003) ; allemande (Springer Verlag, 2005) ; anglaise (Harvard University Press, 2006).

Néanmoins nous ne fumes pas exempts de critiques. Parmi celles-ci, trois d'entre elles renvoient à des questions de fond, auxquelles nous répondons ci-après.

Sur la question d'une classification définitive

Tout d'abord, certains lecteurs nous ont reproché de ne pas donner une classification définitive. Il faut bien comprendre que, justement, la caractéristique même de ces nouvelles approches phylogénétiques consiste à donner un résultat qui rende compte au mieux des données scientifiques du moment, que celles-ci soient d'ordre morpho-anatomique ou moléculaire. D'ailleurs la troisième édition (2006) a tenu compte de nombreux résultats nouveaux, en particulier ceux concernant la phylogénie des eucaryotes unicellulaires et celle des mammifères. À la différence de ce qui était enseigné avant la cladistique (ou systématique phylogénétique), toute proposition de phylogénie peut être soumise à réfutation, et, théoriquement, ne peut pas être considérée comme gravée dans le marbre. La quatrième édition en préparation proposera une nouvelle fois de nombreux changements, en particulier en microbiologie et chez les protostomiens. L'explication en est simple : l'accès aux génomes entiers devient de plus en plus facile - et de moins en moins cher -, ce qui donne naissance à une nouvelle discipline, la phylogénomique, qui permet d'utiliser efficacement, pour réaliser des phylogénies, les génomes entièrement séquences. Ainsi, tel Sisyphe, nous sommes appelés à améliorer au fur et à mesure cet ouvrage, en suivant les progrès de la science phylogénétique. D'autre part, cette attente correspondait à une conception plus profonde, erronée, de ce qu'est une classification, en exigeant d'elle qu'elle soit pratique, et donc simple et stable. C'est confondre la démarche scientifique et la démarche pédagogique. Les classifications phylogénétiques conceptualisent le monde réel selon un «cahier des charges» - ici l'apparentement. Si le monde réel est compliqué aux yeux de certains, ce n'est pas à la démarche scientifique d'en tenir compte a priori, mais à la pédagogie d'en proposer a posteriori une vision plus simple, mais juste. Or, en l'occurrence, les classifications phylogénétiques peuvent se prêter à ce jeu, car ôter certaines branches ne modifie pas les relations hiérarchiques des groupes restants : on peut donc aisément les simplifier sans altérer leurs significations évolutives.

Sur la question des transferts horizontaux de gènes

Une deuxième objection concerne la forme même de l'arbre du vivant. En effet, les microbiologistes se sont récemment rendu compte que, chez les archées et les bactéries, la transmission du matériel héréditaire se fait majoritairement suivant un mode horizontal (échange de gènes, à un moment donné, entre des organismes d'espèces différentes) plutôt que vertical (gènes transmis d'une génération à l'autre). En d'autres termes, les archées et les bactéries seraient des organismes modulaires portant en mémoire la trace de ceux avec lesquels ils ont récemment échangé, plutôt que celle de leurs ancêtres lointains. En l'occurrence, des arbres phylogénétiques n'auraient pas la signification classique qu'on leur donnait. Il est évident que ce point crucial sera longuement expliqué et discuté dans la quatrième édition de la Classification phylogénétique du vivant (le tome 1 désormais). Mais cette découverte a eu un effet pervers : certains l'ont trop rapidement généralisée à l'ensemble du vivant, y trouvant prétexte pour récuser en bloc toutes les classifications phylogénétiques qui font l'hypothèse d'un héritage des caractères sur le temps long. Si, chez les eucaryotes, divers cas de transferts horizontaux ont été décrits - et on en trouvera, dans le présent ouvrage, plusieurs occurrences chez les plantes à fleurs -, ceux-ci sont loin d'avoir le niveau d'intensité caractéristique des archées et des bactéries. En d'autres termes, chez les eucaryotes, les caractères moléculaires sont transmis dans leur immense majorité de manière verticale, ce qui ne remet en cause ni l'utilisation, ni l'interprétation des arbres phylogénétiques pour la classification de tels organismes.

Biographie de l'auteur

Guillaume LECOINTRE est professeur au Muséum National d Histoire Naturelle de Paris, Directeur du département "Systématique et évolution" du Muséum National d'Histoire Naturelle.

Hervé LE GUYADER est professeur de biologie évolutive à l Université Pierre et Marie Curie (Paris VI) et directeur du laboratoire Systématique, Adaptation, Évolution (UMR 7138), et de l'école doctorale de Diversité du vivant.

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Complète le tome 1 enabordant en détail les arbres des poissons télé osteens, des hexapodes dont les insectes, des oiseaux, des squamates, des cnidaires et des angiospermes. Il faut bien savoir que, comme d, ailleurs aussi pour le tome 1 dont une 4eme edition mise à jour paraitra en 2014, les classifications proposées n'ont pasun caractère définitif mais peuvent être mises à jour en fonction du progrès des connaissances. C'est dans le tome que l'on trouvera les details sur les méthodes employées pour établir les classifications phylogénétiques.
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Comme l'indiquent les auteurs dans l'Avant-Propos, les naturalistes amateurs (dont je fais partie) seront très heureux de trouver dans ce tome 2 un traitement plus détaillé des parties "Plantes à fleurs" et "Insectes".
L'ouvrage comme le premier est clair et facile à lire.
2 tomes à posséder à tout prix.
Et, si la baisse incessante de mon pouvoir d'achat le permet, j'acquerrai la 4e édition du tome 1.
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Un complément très utile au tome 1. Il présente les dernières découvertes sur la classification de groupes aussi importants que les angiospermes (plantes à fleurs), les téléostéens (poissons osseux), les oiseaux… Les auteurs et leurs équipes dépoussièrent certaines vielles classifications.
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Date de livraison respectée et emballage parfait. C'est un ouvrage
exceptionnel et à la portée d'un néophyte comme moi, plutôt habitué
à la classification de Linné. Une grande remise en question qui me
permet d'avancer avec la Science...
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Simple amateur de biologie et de systématique, j'ai trouvé dans les deux tomes de quoi compléter et satisfaire mes certitudes évolutionnistes.
Un seul défaut - pas rédhibitoire : trop lourds pour être lus au lit !
Bravo encore
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