Ce que Locke veut défendre dans La lettre sur la tolérance, c'est le droit de chacun à servir l'Eglise qui lui agrée, dans les limites du droit civil. C'est-à-dire que toute personne est libre de suivre la religion de son choix et de la manière qu'elle pense la meilleure, pour autant qu'elle ne viole pas les lois, qu'elle respecte les biens et la personne d'autrui.
Au jour où on a parfois du mal à faire une différence entre foi et extrêmisme, religion et intégrisme, il n'est pas inutile de se plonger dans le court opuscule de Locke et de se rappeler avec lui qu'il n'y a pas de vraie religion là où il n'y a pas de charité, d'amour d'autrui, de générosité.
Si Locke fait dans cet ouvrage preuve d'une tolérance et d'une volonté d'être libre grandioses, il fut néanmoins obligé de publier sa Lettre sur la tolérance anonymement. Gageons que ses paroles de paix et de compréhension mutuelle ne resteront pas lettre morte.