Le scénario ressemble à celui de Terminator : un homme des années 2030, nommé James Cole (Bruce Willis), envoyé dans le passé pour empêcher qu'un cataclysme planétaire se produise, devient involontairement la cause, restée inaperçue, dudit cataclysme. Du moins sommes-nous amenés à le croire un certain temps...
En réalité, loin d'être un prétexte à séquences de poursuite et de fusillade, c'est un scénario foisonnant et génial, dû à l'excellent David Webb Peoples, bien connu pour avoir écrit celui de deux autres merveilles du septième art : Blade Runner, réalisé par Ridley Scott, et Unforgiven (Impitoyable), réalisé par Clint Eastwood.
L'Armée des douze singes est une relecture de La Jetée de Chris Marker, ainsi que de Vertigo d'Hitchcock (dont est citée la séquence où James Stewart et Kim Novak observent les cernes qui s'enroulent dans l'épaisseur d'un séquoia millénaire). À propos de ce chef-d'oeuvre d'Hitchcock, le personnage interprété par Bruce Willis affirme qu'un film « peut être vu plusieurs fois car c'est nous qui changeons ». Ne serait-ce pas une façon pour le réalisateur Terry Gilliam de laisser entendre aux spectateurs qu'ils ont intérêt à regarder plusieurs fois son Armée des douze singes ?
Plusieurs visions nous sont nécessaires, en effet, si nous voulons trouver les réponses aux questions que le film nous oblige à poser. La plupart des réponses sont incluses dans la narration elle-même mais c'est à nous d'en assembler les éléments explicatifs. Par exemple : nous finissons par apprendre d'où provient la terrible cicatrice qui barre le visage de José. Or ce n'est pas José qui nous révèle l'origine de sa blessure, mais la psychiatre Kathryn Railly, incidemment, au cours d'une de ses conférences. Quant à la bataille au cours de laquelle un éclat d'obus a défiguré José, nous y avons assisté auparavant, mais du point de vue de Cole qui, à ce moment-là, était trop effrayé pour s'intéresser à la blessure de son ami.
Chaque personnage est détenteur de fragments de vérité, et l'étrange dispositif circulaire de cette fiction permet aux spectateurs de les assembler... certes à la seconde vision. Car aucun flash-back ne vient repasser les plats au spectateur, lui remontrer ce que sa mémoire n'a pas su enregistrer au bon moment. La technique du flash-back n'est pourtant pas absente de L'Armée des douze singes : mais ces flash-back sont réservés au souvenir d'enfance qui hante la mémoire de Cole.
Revoir le film est indispensable pour en bien comprendre le dénouement. Dans l'avion pour San Francisco, une femme qui dit s'appeler Jones et travailler dans les assurances (alors que, dans le futur, elle fait partie des scientifiques responsables de l'opération Cole) est assise sur le siège voisin de celui où vient s'installer l'assistant du docteur Goines. Elle semble l'attendre... Mais dans quel but ? Lorsque le spectateur voit le film pour la première fois, l'apparition de cette femme ne peut que le désorienter. Il croyait avoir compris et ne comprend plus. Sauf s'il se rappelle les phrases qu'a prononcées Cole lorsqu'il expliquait sa mission au psychiatre Kathryn Railly, en voiture, sur la route entre Baltimore et Philadelphie !
On finit aussi par saisir pourquoi Cole, après sa première mission, s'est mis à entendre des voix : simple effet secondaire des drogues que lui ont injectées les scientifiques avant de l'envoyer dans le passé. On comprendra aussi pour quelle raison il agit la plupart du temps comme un enfant... Tout est cohérent, mais les informations sont fournies dans un ordre qui ne suit pas la linéarité chronologique. Du reste, le film déconstruit la notion même de linéarité chronologique, et la plupart des personnages de l'histoire sont conduits à renoncer à l'idée qu'ils se faisaient d'un temps linéaire et irréversible.
Si les derniers instants du dénouement visent à déstabiliser le spectateur qui croyait avoir tout compris, c'est aussi parce qu'il n'y a pas de raison pour que lui seul voie sa représentation du temps ressortir intacte de ce maelstrom...
À ce propos, une interprétation du film fondée sur l'affirmation que ses voyages dans le passé n'existent que dans l'imagination du héros ne me paraît pas défendable. C'est une thèse consolante et simpliste. L'intrigue de L'Armée des douze singes est organisée, construite avec précision et subtilité, justement pour pouvoir admettre d'autres explications que celle invoquant un pur mentalisme.
Dans Brazil, Terry Gilliam, en peintre qu'il est par ailleurs, se montrait sensible avant tout à la composition du plan, à l'aspect plastique de l'image (à l'instar de Peter Greenaway). Dans L'Armée des douze singes, s'il n'est toujours pas un grand sculpteur de la durée (contrairement à Leone ou à Kitano), Gilliam a su obtenir une parfaite fluidité dans l'enchaînement des plans. Voilà un film qui fourmille de détails, d'éléments secondaires, et dont pourtant la mise en scène ne souffre jamais d'encombrement ou de surcharge.
Enfin, Terry Gilliam adresse quelques clins d'oeil aux admirateurs des Monty Python, dont il fut un membre éminent. Cole envoyé par erreur dans une tranchée de la première guerre mondiale, en pleine bataille, pour y faire trois petits tours avant de repartir vers 1996, ça rappelle Brian attrapé au vol par un Ovni alors qu'il tombait du haut d'une tour, dans la Judée de Ponce Pilate... Il y a aussi ce prêcheur que les personnages aperçoivent à Philadelphie. Ne rappelle-t-il pas les nombreux prophètes, plus ou moins persuasifs, de La vie de Brian ? Le thème du prophétisme hante le cinéma de Terry Gilliam. C'est d'ailleurs le problème principal de James Cole pendant tout le film : ce que je suis seul à savoir, comment le faire savoir à autrui ?